A coronavirus from the pangolin could be one of the sources for COVID-19. Wildlife Alliance/Flickr, CC BY
Genom Analizine Göre, Koronavirüs İki Farklı Virüsün Birleşimi Olabilir
Popular Science`deki makaleye göre,
Birkaç haftalık zaman aralığında, COVID-19 ve ona sebep olan SARS-CoV-2 virüsü hakkında birçok şey öğrendik. Fakat ortalıkta çok sayıda dedikodu da dolaştı.
Virüs üzerine yayınlanan bilimsel makalelerin sayısı artarken, virüsün kökenlerine dair hâlâ çok miktarda gri alan bulunuyor.
Hangi hayvan türünde ortaya çıkmıştı? Yarasa, pangolin veya başka vahşi bir tür mü? Nereden gelmişti? Çin’in Hubei bölgesindeki bir mağara ya da ormandan mı, yoksa başka bir yerden mi?
2019 yılının Aralık ayında, hastalığa yakalanan ilk 41 kişinin 27’si (yüzde 66’sı) hastaneye kaldırılmış ve bu kişiler, Hubei bölgesindeki Vuhan şehrinin merkezinde yer alan bir pazardan geçmişlerdi. Fakat Vuhan Hastanesi’nde yürütülen bir çalışmaya göre tespit edilen ilk insan vakası, bu pazara sık gitmiyordu.
Bunun yerine, SARS-CoV-2’nin genom dizilimlerine dayalı moleküler bir tarih tahmini, başlagıcın Kasım ayında olduğuna işaret ediyor. Bu durum, söz konusu COVID-19 salgını ile yaban hayatı arasındaki bağlantıya dair çeşitli soru işaretlerini akla getiriyor.
Genom verisi
Çinli araştırmacılar, SARS-CoV-2’nin genomunu hızlı biçimde dizdi. Genom, yaklaşık 30.000 baz içeren 15 genin yer aldığı bir RNA molekülü. Bu genler arasında, virüs kılıfının yüzeyindeki bir proteini kodlayan S genini de içeriyor (karşılaştırma yapmak gerekirse; bizim genomumuz, yaklaşık 3 milyar boyutundaki bir çift DNA sarmalı biçiminde ve yaklaşık 30.000 gen içeriyor).
Karşılaştırmalı genom analizleri, SARS-CoV-2’nin Betakoronavirüsler grubuna ait olduğunu ve SARS-CoV ile çok yakın akraba olduğunu göstermiş. SARS-CoV, 2002 yılının Kasım ayında Çin’in Guangdong bölgesinde ortaya çıkan ve 2003 yılında 29 ülkeye yayılan akut zatürre salgınından sorumlu.
O zamanlarda, 774 ölümlü vakanın da dahil olduğu toplamda 8.098 vaka kaydedilmişti. Rhinolophus cinsi yarasaların (muhtemelen birkaç mağara yarasası türü), bu virüsün deposu oldukları ve maskeli palmiye misk kedisi isimli küçük bir etçil hayvanın (Paguma larvata), yarasalar ile insanlarda görülen ilk vakalar arasında aracı bir konak vazifesi görmüş olabileceği biliniyor.
Bat, Rhinolophus affinis. Alexandre Hassanin, Author provided
O zamandan beri, çoğunlukla yarasalarda ve bazen de insanlarda olmak üzere pek çok Betakoronavirüs tespit edilmiş. Örneğin, Çin’in Yunan bölgesinden toplanmış Rhinolophus affinis türü bir yarasadan izole edilen RaTG13’ün, geçenlerde SARS-CoV-2’ye çok benzediği ve genom dizilerinin yüzde 96 aynı olduğu belirlenmiş.
Bu sonuçlar, yarasaların; özellikle de Rhinolophus cinsi türlerin, SARS-CoV ve SARS-CoV-2 virüslerine depo teşkil ettiğini gösteriyor.
Fakat bir depoyu nasıl tanımlarız? Bir depo, virüse karşı hassas olmayan ya da çok hassas olmayan; doğal biçimde bir ya da birkaç virüse ev sahipliği yapan bir veya birkaç hayvan türü demek.
Hastalık belirtilerinin olmayışı, bağışıklık sistemlerinin etkili olmasıyla açıklanıyor ve bu sayede, virüslerin çok fazla üremesine karşı savaşabiliyorlar.
Birleşme mekanizması
7 Şubat 2020’de, SARS-CoV-2’ye daha da yakın olan bir virüsün pangolinlerde tespit edildiği öğrenildi. Genomlarının yüzde 99 oranında benzer olması; pangolinlerin, yarasalardan daha muhtemel bir depo olabileceğini akla getiriyor.
Ancak yakın zaman önce gerçekleştirilen ve şu an inceleme aşamasında olan bir çalışma, Malezya pangolininden (Manis javanica) izole edilen bu koronavirüsün genomunun SARS-CoV-2’ye bu kadar benzemediğini ve uyumun sadece yüzde 90 olduğunu gösteriyor. Bu durum, pangolinden izole edilen virüsün, halen devam eden COVID-19 salgınından sorumlu olmadığına işaret ediyor.
Ancak pangolinden izole edilen bu koronavirüs, S proteinindeki belirli bir bölgede yüzde 99 benzerlik gösteriyor. Bu bölge, virüsün insan hücrelerine girmesine ve onlara bulaşmasına olanak sağlayan ACE (Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim 2) reseptör bağlanma bölgesiyle ilişkili 74 amino aside karşılık geliyor.
Bunun aksine, R. affinis yarasasından izole edilen RaTG13 virüsü, bu belirli bölgede yüksek oranda farklılık gösteriyor (benzerlik oranı sadece yüzde 77). Bu durum; pangolinden izole edilen koronavirüsün insan hücrelerine girebildiği, fakat R. affinis yarasasından izole edilen virüsün giremediği anlamına geliyor.
Ek olarak, bu genomsal karşılaştırmalar; SARS-CoV-2 virüsünün, iki farklı virüs arasındaki bir birleşmenin sonucu olduğunu akla getiriyor (bu virüslerden biri RaTG13’e, diğeri ise pangolin virüsüne yakın). Diğer bir ifadeyle bu, daha önce var olan iki virüsün bir kimerası.
Bu birleşme mekanizması; özellikle de SARS-CoV’un kökenini açıklamak amacıyla, koronavirüslerde daha önce belirlenmişti. Birleşmenin, yeni bir konak türe bulaşma kabiliyeti olabilen yeni bir virüsle sonuçlandığını bilmek önem taşıyor.
Birleşmenin meydana gelmesi için, bu iki ayrı virüsün aynı canlıya aynı anda bulaşmış olması gerekiyor.
İki soru cevap bekliyor: Bu birleşme hangi canlıda gerçekleşti? (bir yarasada mı, bir pangolinde mi yoksa başka bir türde mi?) Hepsinden önemlisi, bu kombinasyon hangi şartlar altında meydana geldi?
Yazar: Alexandre Hassanin/The Conversation. Çeviri: Ozan Zaloğlu
Kaynaklar
1.https://popsci.com.tr/genom-analizine-gore-koronavirus-iki-farkli-virusun-birlesimi-olabilir/
2.https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext#%20
3.https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.25731
4.https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3
5.https://en.wikipedia.org/wiki/Severe_acute_respiratory_syndrome
6.https://science.sciencemag.org/content/310/5748/676.pdf-extract
7.https://en.wikipedia.org/wiki/Masked_palm_civet
8.https://www.nature.com/articles/nm.3985
9.https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7
10.https://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2
11.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.951335v1
12.https://jvi.asm.org/content/84/7/3134
13.https://en.wikipedia.org/wiki/Horseshoe_bat
14.https://theconversation.com/coronavirus-origins-genome-analysis-suggests-two-viruses-may-have-combined-134059
